การนำดีเอ็นเอ เข้าสู่เซลล์เจ้าบ้าน(Host cell)ที่มีความพร้อม(Competent cells) ในกระบวนการโคลนดีเอ็นเอที่ต้องการ Recombinant dna ซึ่งต้องอาศัยดีเอ็นเอที่เป็นพาหะหรือเวคเตอร์ นำชิ้นส่วนดีเอ็นเอที่ต้องการ(DNA Insert) เข้าสู่เซลล์เจ้าบ้าน Host cell โดยเวคเตอร์ที่ใช้อาจจะมีหลายแบบ เช่นพลาสมิด ฟาจ phage คอสมิด cosmid ,yac vector ซึ่งในธรรมชาติการนำ โดยปกติแล้ว พลาสมิดสามารถจำลองตัวเองได้ในเซลล์ ในงานด้านพันธุวิศวกรรมนิยมใช้พลาสมิดเป็นเวคเตอร์ในการนำชิ้นส่วนยีนเข้าสู่เซลล์(Competent cells) ซึ่งพลาสมิดในธรรมชาติก็มีข้อเสียหลายอย่างไม่เหมาะจะนำมาเป็นดีเอ็นเอพาหะในการโคลนยีน จึงมีการสร้างพลาสมิดขึ้นมาใหม่โดยมีการตัดต่อยีนพลาสมิดจากธรรมชาติร่วมกับยีนสังเคราะห์โดยการตัดต่อเบสเพิ่มเติม พลาสมิดที่นิยมนำมาใช้โคลนยีนคือพลาสมิดที่มีการจำลองตัวเองแบบ Relaxed
ขั้นตอนหนึ่งในการโคลนยีนหลังจากได้ยีนสายผสมที่ต้องการ(recombinant dna) แล้วคือการนำชิ้นส่วนโคลนเข้าสู่เซลล์ โดยมีหลายวิธี เน้นเฉพาะเซลล์เจ้าบ้านที่เป็น E.coli การนำโคลนเข้าสูเซลล์มีดังนี้
- Conjugation คือการนำดีเอ็นเอ จากแบคทีเรียหนึ่งย้ายเข้าไปยังอีกเซลล์หนึ่ง(Recipient) โดยอาศัย F-Factor เมื่อดีเอ็นเอเข้าสู่เซลล์แล้วก็จะรวมกับดีเอ็นเอในโครโมโซมของผู้รับ
- Transduction การย้ายดีเอ็นเอเข้าสู่แบคทีเรียโดยอาศัยสื่อพวกฟาจ(phage)