เอนไซม์ตัดจำเพาะ ในการโคลนยีน

ในการโคลนยีนต้องใช้ เอนไซม์ตัดจำเพาะ ในการตัดสายดีเอ็นเอที่ต้องการ จากนั้นนำไปเชื่อมต่อกับพาหะ(vector)แล้วจึงนำพาหะถ่ายเข้าสู่เซลล์ของเจ้าบ้าน(Host cell)ซึ่งเอนไซม์ตัดจำเพาะสามารถแบ่งตามระบบการป้องกันตัวเองของแบคทีเรียจากผู้บุกรุกของดีเอ็นเอแปลกปลอมได้เป็น 3 แบบโดยแบบที่ 2 (Type II) เป็นเอนไซม์ตัดจำเพาะที่นิยมใช้กันมากในการตัดต่อยีน เนื่องจากโมเลกุลไม่ซับซ้อน คือ ประกอบด้วยสายโพลีเปบไทด์เพียง 1 ชนิดมีการตัดที่ตำแหน่งจำเพาะบริเวณตำแหน่งจดจำบนดีเอ็นเอทำให้ได้ขนาดที่แน่นอนและใช้เพียง Mg⁺⁺ เป็นตัวเร่งปฏิกิริยา นอกจากนี้ในการเติมหมู่เมธิลให้กับเบสของดีเอ็นเอนั้นต้องอาศัยเอนไซม์อีกชนิดหนึ่ง

                ปัจจุบัน เอนไซม์ตัดจำเพาะ ที่สกัดได้จากแบคทีเรียชนิดต่างๆมีจำนวนมากกว่า 400 ชนิดซึ่งการเรียกชื่อใช้ระบบอักษรภาษาอังกฤษ 3 ตัวและพิมพ์ตัวเอน โดยอักษรตัวที่ 1 คืออักษรตัวแรกของชื่อ Genus ใช้เป็นตัวพิมพ์ใหญ่ อักษรตัวที่ 2 และ 3 เป็นอักษร 2 ตัวแรของชื่อ Species ใช้ตัวพิมพ์เล็กถ้ามีรหัสของสายพันธุ์ก็ให้ใส่หลักอักษร 3 ตัวแรกและสุดท้ายเป็นเลขโรมันซึ่งบอกถึงลำดับของเอนไซม์ที่สกัดได้จากแบคทีเรีย เช่น

EcoRI สกัดมาจาก Escherichia coli RY13 แยกได้เป็นชนิดแรก

HindIII สกัดมาจาก Haemophilus influenzae แยกได้เป็นชนิดที่ 3

ตำแหน่งจัดจำของเอนไซม์ คือตำแหน่งของ Palindrom sequence (Highly repeatitive DNA;DNA class I) ซึ่งบริเวณจดจำของเอนไซม์อาจจะประกอบด้วย 4 หรือ 6 หรือมากกว่า 6 เบส

                เมื่อเอนไซม์ตัดเส้นดีเอ็นเอขาดออกจากันแล้ว ชิ้นดีเอ็นเอที่ได้นั้นที่มีปลายทั้งสองยาวเท่ากัน เรียกว่าปลายทู่(Blunt end หรือ Flush end) หรือถ้าชิ้นส่วนดีเอ็นเอที่ได้นั้นที่มีปลายทั้งสองยาวไม่เท่ากันเรียกว่าปลายเหนียว(Sticky end หรือ Cohesive end)